碇真嗣在周易书院读书明理，并不是死读书，而是要细细揣摩，明白著书人的心思，人情练达即文章，也是这样的道理。
所以，尽管碇真嗣年纪小，心头却是雪亮。玛奇玛只是一开口，他就将这个神秘女子领袖的心思，揣摩得七七八八，明白此人的想法。
玛奇玛听罢，大大方方道：“真嗣同学，你果然是个有意思的人，没有错，我就是来联系你，和我一起对付碇源堂。碇源堂此人，无情无义，为达目的不择手段，无所不用其极。
“我可以告诉你，他有一个大计划，在这个计划中，初号机是至关重要的一环，不要看你是他的儿子，一旦挡了他的路，他也不会放过你，甚至有可能已经在做准备了。我听说，你们NERV正在研发一种技术，名为傀儡系统，你应该明白，这是什么意思。”
玛奇玛言语之间，声音和缓，娓娓道来，如高山流水，沁人心脾，让人不知不觉，就听从了她的言语。
“哦，有这样的事情？”碇真嗣听到傀儡系统四个字，灵光一闪，许许多多的领悟，便涌现出来。
他此前进入初号机，就感觉到自己像是回到了婴儿时代，重新孕育了一番，肉身得到补全，武学才可以突飞猛进。
碇真嗣可以肯定，初号机这头形似机甲，实为生物的傀儡，必然与自己这具肉身，有着莫名的血脉联系。
这也是为什么碇源堂会需要他来驾驶初号机，甚至很有可能，这具傀儡一开始就是为他准备的。
碇真嗣甚至有一种感觉，如果自己还是原来那个纤细、敏感，不善言辞，渴望被认同的小孩子，指不定他们两人还可以配合一些。
不过，那都只是假设而已，碇源堂手掌大权多年，性格强硬，碇真嗣也在周易书院，领会了读书人的道理，养成了据理力争，绝不退让的性子。
针尖对麦芒，只能拼个你死我活了。
碇真嗣想到此处，有一些感慨，浅浅淡淡，转瞬即逝，对他来说，没有发生过的事情，就是不存在，不会产生任何妨碍。
至于这个什么傀儡系统，究竟是什么东西？碇真嗣思索之间，忽然又想到了一个人，他这个第三适格者是碇源堂的儿子，那第一适格者绫波丽，又有一些什么来历？
有一件事情，碇真嗣印象颇深，他在第一次驾驶过EVA初号机后，NERV的赤木律子博士，曾经提出过让他和绫波丽交换机体，进行驾驶。
不过碇真嗣将精力都放在修行上，从来没有去总部
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