疆域不断扩大，文化亦不断融和统一。总之，《国史大纲》颇多创见独识，不胜枚举。是书出版后，风行全国，成为各大学通用的历史教科书，极大地鼓舞了广大青年学子，激发了他们抗日救亡的热忱。
１９３９年夏，钱穆经香港、上海回苏州侍母，夫人张一贯亦率子女自北平回家。钱先生变换姓名，择居耦园幽僻地，除时或至上海晤吕思勉外，杜门不出。此时习英文，读美人所著世界史，并撰《史记地名考》。该书体裁别出，辞简义尽，将《史记》全书地名，一一考订无遗。钱穆离昆明之前，顾颉刚已与哈佛燕京学社商得专款，在迁到成都的齐鲁大学创办国学研究所，邀钱氏同往开办。１９４０年夏秋之际，钱穆离家入川，经重庆，１０月至成都履任。此期间，迁置嘉定的武汉大学历史系诸生感师资不足，校长王星拱特函请钱先生，获允讲学一月。１９４１年３月莅校，开中国政治制度史与秦汉史两课。在嘉期间，曾应马一浮邀，莅岷江对岸乌尤寺复性书院讲中国史上的政治问题。齐鲁大学国学研究所在成都西北郊崇义桥赖家花园，地僻幽静，为读书佳境。研究员、助理员共十余人，各自钻研。钱穆主政期间，每周六举行讲论会，每月一出旅行，师生彼此交流融洽，共同讨论，对诸生启发很大。当时钱穆应上峰及教育部邀，潜心撰写《清儒学案》。是书于关学最为详备，如对李二曲，据其行事特撰一新年谱，展示二曲一生精神。又有江西宁都七子，挑选其相互讨论《中庸》未发已发问题，条贯叙述。全书约四、五十万字。可惜原稿于教育部复员途中，落入长江之中，仅存序目。书序发表在《图书季刊》上。当时撰著的另一著作为《中国文化史导论》，陆续发表在张其昀、谢幼伟等创办的《思想与时代》上。《导论》系就《国史大纲》所标 之文化意识及其所致意之各环节，作进一步较系统的发挥。该书从中西比较出发，详论中国文化产生、发展、演变的历程，揭示中国文化内在的精神及其独特的发展规律。当时钱穆在《思想与时代》发表的文章，除《导论》诸篇外，其余亦皆有关中国文化，而以宋明理学为多。这是钱穆入蜀以来在思想与撰述方面的一个新转变。钱穆在齐鲁大学授课时，也兼任华西大学的课。１９４３年秋，齐鲁国学所停办，钱氏应邀任教华西大学，兼四川大学教席。是秋与冯友兰、萧公权等应邀去重庆高级训练班讲学，在重庆犯胃病，返回成都之后，病情加重，遵医嘱休养。此时他静心读《朱子语类》，后移居灌县灵岩山寺，读《指月录》。研读之后，他对唐代禅宗最终转归宋明理学这一演
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