城外绕了一圈，确信城内没有人之后，明军很快离去。数天之后，一支支的明军从科布多经过，依然没有停留多久，这些军队有的往南，那是迪化（注今乌鲁木齐）方向；有的往北，那是唐努乌梁海；有的继续往西，那是塔尔巴哈台方向。
直到数月之后，一支近千人的汉人移民来到这里才驻扎了下来，很快，一座新的城堡就会在这里建成。
弘光二十一年的四月，明军占领了科布多这个重要通道后，加快了对西北方向的占领，五月占领唐努乌梁海，六月占领了别失八里，七月份，明军推进迪化。
占领迪化后，明军没有再继续推进，而是在迪化驻扎了下来，开始对迪化城进行加固，到了八月，一支二千余人的汉民从中原迁移了过来，这些汉民将在迪化安家落户。
失去迪化后，准噶尔分成了两部，西域与青海顿时失去了联系，而和西藏的联系也变得困难起来，噶尔丹才知道，明军不但对漠南有兴趣，对漠北、西域的土地也有兴趣，万般无奈之下，噶尔丹又遣人向明军请降，重提称藩的要求。
准噶尔汗国的使臣在南京尚没有回去，只是南京与西域太远，王福直接下旨让驻扎在迪化的大将李元胤与噶尔丹展开谈判，经过双方讨价还价，于十一月份终于初步拟定协议。
协议共分十条，第一条规定：准噶尔去国号，噶尔丹封归顺王，可以世代相传，所有蒙古人必须共遵大明皇帝，蒙古人生生世世不得反悔。
第二条规定：准噶尔部承认朝廷对迪化以南土地的直接占领，其青海也归大明直属，青海的准噶尔部可以迁移至西域各地，朝廷并不留难。
第三条规定：准噶尔部必须每年向朝廷进贡银十万两，羊万只，牛千头，骏马百匹。
第四条规定：准噶尔部更换首领，必须经过朝廷的册封，世子满十岁，须送京城学习汉学，年满二十岁之前，不经朝廷同意不得返回。
第五条规定：朝廷允许与准噶尔部双边互市，除一级商品外，大明对准噶尔部交易的物品种类，数量均不加限制。
第六条规定：准噶尔部必须保护汉人商队在准噶尔的行商，商队有权在准噶尔部自由行走，当商队受到袭击时，准噶尔部必须及时追捕凶手，将擒获的凶手交给朝廷处理。准噶尔部对商队征收税额的标准不得超过三十税一。
第七条规定：汉人商队有权雇佣三百人以下的护卫，护卫所带武器除大炮外，不得有所限制。
第八条规定：汉人有权在准噶尔部所在
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