马超随父亲马腾与韩遂互相攻击，作战中遭遇韩遂将领兼女婿的阎行刺袭，用矛扫到马超的脖子，差点丧命。
建安七年（202年），官渡之战期间，司隶校尉钟繇镇守关中，袁绍旧部郭援、高干协同匈奴单于反叛于平阳，写信给马腾、韩遂，述说其中的厉害关系。马腾于是派马超率军入关中助战，朝廷任命马超为督军从事，讨伐郭援、高干。大战中，马超身先士卒，冲锋陷阵，被飞箭射中脚部，仍不退缩，用布裹住受伤的脚，继续领军作战年，大破敌军，部下庞德阵前斩杀郭援。曹操担任丞相时，曾想召封马超为徐州刺史，但马超不肯接受。于是曹操改封马超为谏议大夫。
建安十三年，马腾与镇西将军韩遂不和，请求入朝为官，被曹操任命为卫尉。马超的几个弟弟也被都征召为官，唯独马超留守凉州，被封为偏将军、都亭侯，统领马腾的部队。
建安十六年，曹操派遣钟繇、夏侯渊率领军队，试图经过马超等凉州军阀的领地进攻汉中张鲁。马超等人都怀疑这是针对自己用兵，马超对韩遂说：“之前司隶校尉钟繇曾命我谋害将军，关东之人已经不可以相信了。
如今我放弃我的父亲，如父亲一样对待将军，将军也应该放弃你的儿子，如儿子一样对待我。”韩遂部下阎行进谏韩遂，不希望他与马超联合，韩遂回答：“如今诸将不谋而合，似乎有天意啊。
最终韩遂决意与马超等多位军阀起兵反曹，率领十万人马（包括汉兵、羌兵、胡兵）进逼至潼关。曹操派遣曹仁前往征讨，却被马超击败，马超进驻潼关，曹操下令，让诸将坚壁固守，不要妄动。
同年七月，曹操西征，与马超联军夹关相对。曹操军驻扎在蒲阪，想要西行渡河，马超听说后对韩遂说：“可以在渭河北岸据守，不到二十天，河东粮尽，他们自己便会走了。”但是被韩遂拒绝，曹操听闻了马超的计策后，感叹：“马儿不死，吾无葬地也。”
于是派遣徐晃、朱灵等夜渡蒲阪津，占据河西设立营寨，自己从潼关北渡，前队刚过，马超随即杀到，全军大乱，但曹操稳坐不起。许褚、张郃等将见事情紧急，将曹操带入船中急忙渡河，马超率领骑兵在后面边追边射，箭如雨下。曹操帐下校尉丁斐在河岸放出大量牛马，马超的士兵顾不得乘胜追击，乱取牛马，马超控制不住，曹操因此得以成功渡河。
九月，曹操采取贾诩的计策，写信给韩遂，离间马超联军，致使关中联军相互猜疑。曹操趁此机会发动攻击，联军大败，成宜、李堪等战死。马超派使者
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