然，日本与澳门贸易终结，也不仅仅是锁国令的原因。至少荷兰人与日本贸易还在继续。还有其他原因，首先就是耶稣会的活动。在日本引起不少风波，还有就是，日本船主与澳门船主之间的互相仇杀。
在万历年间，一艘日本朱印船在澳门被人攻击。当时甚至惊动了明朝官员，至于原因谁也说并不清楚，公说公有理，婆说婆有理。当时明朝官军也是和稀泥了。
但是事情并没有这样结束。
在十几年后，就是攻击日本船主，葡萄牙船长也在日本遭受攻击，是复仇。
从此之后，双方的贸易虽然还没有结束，但已经是每况日下了。
况且大海之上的后起之秀，也在冲击着澳门的贸易体系。比如说荷兰，与英国。
荷兰就不用说了，英国也是在这个时间段出现在南中国海域的。
当然了郑芝龙集团对澳门的影响也很大。
在对外贸易渠道被一一中断之后，澳门所能有的财源，也就只有中外贸易了。将各处物品卖给国内，将国内的物资卖给西方。在大明官方承认开港的地方，只有两处，一处是福建月港，一处就是澳门。
他的利益与郑芝龙集团的利益有重叠的地方。
在郑氏纵横南海的时候，自然对澳门方面没有什么好脸色了。这样的逼迫之下澳门内外交困，日益萧条。历史上清廷占据广东之后，澳门虽然有一些人基督教人事支持永历，但是很多人迅速倒下了清廷。被清廷所谓的裕海通商之策，所吸引，并非没有原因的。
此刻在大教堂之中，无数人正在做着祷告。
听教堂的钟声响起，才纷纷起身。索萨一身紧身衣，穿着燕尾服，头上带着一个顶大盏帽，腰间别着一柄长剑，腰带之上还有两把短火铳插着。行走之间，很有武人风范。他站在教堂之前，用葡萄牙语说道：“女士们先生们，站在上帝面前，我们必须承认。澳门的存在遇到极大的危机。北方中国的内战，正在影响着澳门的存在与否。如果我们不能应对这一场危机的话，那么帝国在澳门的历史即将被终结。”
“我谨以为澳门评议会议长，以及帝国澳门总督的身份告诉大家一个消息，来自北方的征服者，大夏帝国的郑国公爵殿下，即将造访澳门。这是澳门有史以来迎接中国最有权势的人。如果我们能说服他，那么我在南中国的一切行为都会被允许。”
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