坚定了报效朝廷的心思，九月下旬日本来的援兵及时赶到，松江、登莱、福建三大水师联手，再一次誓师出海。
施琅率领大型战船三百余艘、水兵四万余人、五百余艘中小战船，从福建东山岛扬帆启程，进逼澎湖。
二天后，施琅攻取了澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。
四天之后，施琅亲率六十只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫;登莱水师提督王行率领由五十只战船组成东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫;松江姚一耀率领七十只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯攻登陆，牵制西面的郑军。此外，剩余战船作为预备队，随主攻部队跟进。
郑家和施琅都知道这是决定命运的一战，于是一交手便展开了厮杀，激战历时七昼夜。
南海波浪滔天，炮声不断，血流染红了这片海面。
施琅巧妙利用有利的西南风向条件，采取“五点梅花阵”战术，即用多艘战船围攻郑军一艘，集中兵力作战。顿时，茫茫大海上朵朵“梅花”飞舞，大明水师越战越勇，一举攻克澎湖列岛，击毁郑军大小战船近两百艘，歼灭其精锐。
郑芝龙侥幸依靠熟悉的地形带少数部下逃回东番岛。
消息传到金陵，侯玄演欣喜若狂，在王府设席大宴群臣。