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可见此人在宗教信仰上并无定见，不过随政治需要的变化而改变。
却图汗占据青海后，开始觊觎西藏。他邀在同皇太极的争斗中败北率残部西走的察哈尔部林丹汗来青海，共图西藏。林丹汗在前往青海的途中病卒，使却图汗争取同盟力量的图谋未果，但他仍没有放弃对西藏的野心，崇祯六年六、七月间，他的兵力已达到藏北边境，击败了霍尔上部等，对整个西藏构成了严重的威胁。应当指出的是，此时的却图汗虽然在青海大肆迫害格鲁派，但还未与藏巴汗和噶玛噶居派结成同盟，而且以后的种种迹象表明，在西藏的格鲁派上层中的一些人，还同他保持着一定的联系。却图汗的兵锋所及，对藏巴汗和格鲁派双方都带来了危机。共同的利益使敌对的双方暂时联合起来，抵御外辱。藏巴汗在召集十三万户的军队，准备与之对抗的同时，派人指示四世班禅和强佐索南饶丹前往蒙古军驻地进行调解。这一危机最终在四世班禅和索南饶丹的出面调停下化解，喀尔喀蒙古人退回故地，后藏军队各自解散。
其后却图汗之子阿尔斯兰率一万多精锐骑兵攻入藏北，左右了西藏大政，在当雄，他一举消灭了近百年前被鄂尔多斯吉囊追杀逃至藏北定居的原右翼蒙古永邵卜的后裔永邵卜四部。此举使藏巴汗惊恐万状，他当即改变了对蒙古人的态度，决定采取主动联合的策略，企图在保全自己实力的同时，借阿尔斯兰的兵力消灭格鲁派。噶玛噶举派红帽系活佛却吉旺秋作为藏巴汗一方的代表赶到当雄，与阿尔斯兰达成了一项协议，“决定由萨当巴占据拉萨、拔绒巴占据热振，彻底消灭格鲁派，做噶玛巴和主巴噶举派的施主”。
与藏巴汗的反应截然不同，格鲁派一方对这一事件表现得极为冷静。当时，五世达赖喇嘛正在哲蚌寺附近的格培寺闭关修行，当达东仲尼向强佐索南热丹报告了这一“惊天动地的事件”后，五世达赖喇嘛冷静地分析了形势，认为“蒙古人不会很快来到拉萨”，仍然坚持闭关修行。事件的发展果然如五世达赖喇嘛所料，阿尔斯兰的军队直到崇祯十七年初才进驻拉萨，进入拉萨之后不久，此人反而被达赖的个人魅力征服，又信仰了黄教，其后又导致了一系列的变化，拉萨被固始汗占领，藏巴汗和他的红教政权灭亡。蒙古人和西藏人的争斗最终使卫拉特人趁虚而入，使西藏和大半个新疆包括青海一带，还有原本的卫拉特人占据的中亚地区都成为葛尔丹汗国的一部份，葛尔丹汗国极盛时有七百万平方公里的土地，不是人们想象中的就是一个蒙古部落而已。
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