南京（当时称南京为钟山）。朱元璋意犹未决，刘基也沉默不言。朱元璋知其自有见地，遂召入内室与之决策，刘基以为凡言降者或议逃者，应尽诛之，以免扰乱军心。刘基认为，陈友谅骄气冲溢，目空一切，根本不把我们放在眼里，我们应利用其骄傲自满、听不进不同意见的时机，诱敌入伏，一举重创之，灭其锐气。刘基说：“天道后举者胜，吾以逸待劳，何患不克，莫若倾府库，开至诚，以固士心，伏兵伺隙击之，取威制胜，以成王业，在此举也”。正是在吴国初创、百事待兴，又突临强敌、内部看法不一的危难紧急关头，刘基寥寥数语，拨开迷雾，点破形势，议定决策，团结人心，去为完成王业而进取。
至正二十七年（1367年），参与制定朱元璋的灭元方略，并得以实现。共参与军机八年，筹划全局。[5]
劝君买善
吴元年（1367年），朱元璋以刘基为太史令，刘基呈上《戊申大统历》。荧惑星出现在心宿位，预示有兵灾祸乱，刘基请求朱元璋下诏罪己。天气大旱，刘基请求处理久积冤案，朱元璋便当即命令刘基予以平反，大雨也就从天而降。刘基趁机请求建立法制，防止滥杀现象。朱元璋这时正要处决囚犯，刘基便问是什么原因，朱元璋将自己所做的梦告诉他。刘基说：“这是获得疆土和百姓的吉象，所以应当停刑等待。”三日之后，海宁归降，朱元璋很高兴，就将囚犯全部交给刘基释放了。元至正二十七年（1368）即皇帝位，定都应天（今南京市），国号大明。明王朝正式建立，授刘基为御史中丞兼太史令。[5]
严明法纪
朱元璋即皇帝位后，刘基上奏制定军卫法。当初确定处州税粮时，仿照宋制每亩加五合，唯独青田县除外，太祖这么说道：“要让刘伯温家乡世代把此事传为美谈。”太祖巡幸汴梁时，刘基与左丞相李善长一起留守京城。刘基认为宋、元两朝都因为过于宽纵而失天下，所以应该整肃纲纪，于是便下令御史检举弹劾，不要有任何顾忌，宿卫、宦官、侍从中，凡犯有过错的，一律奏明皇太子，依法惩治，因此人人都畏惧刘基的威严。中书省都事李彬因贪图私利，纵容下属而被治罪，李善长一向私宠李彬，故请求从宽发落，刘基不听，并派人骑马速报太祖，得到批准，刘基便在祈雨时，将李彬斩首。因为这件事，刘基与李善长开始不和。太祖返京后，李善长便向太祖告状，说刘基在坛土遗下杀人，是不敬之举。那些平时怨恨刘基的人也纷纷诬陷刘基。当时正逢天旱，太祖要求诸臣发表意见，刘基上奏说：
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