先后投降朱元璋，平江成为孤城。[93]于是朱元璋以重兵包围平江，发动平江之战。在围城的同时，朱元璋派廖永忠去滁州接小明王韩林儿到应天来，但在瓜步渡江时悄悄将船底凿漏，小明王沉于江底。接着，朱元璋宣布不再以龙凤纪年，称至正二十七年（1367年）为“吴元年”。[94-95]
平江之战开始时，朱元璋筑墙围城，并造有三层的木塔楼，高过城墙，以弓弩、火铳向城内射击，还设襄阳炮日夜轰击。城内一片恐慌，张士诚几次突围都以失败告终。张士诚反复无常，贪图享受，对部下也十分放纵。平江被围困的最后一天，张士诚弟弟张士信在城头督战，仍不忘享乐，坐在银椅上饮酒，左右侍奉的人递桃子给他，结果桃子还没到口，恰好一炮打来，脑袋被打得粉碎。朱元璋曾多次派人劝降，都被张士诚拒绝。张士诚死守平江，粮尽后，以老鼠、枯草为食；箭尽后，以屋瓦为弹。直至正二十七年（1367年）九月初八，朱元璋率军攻入平江城，张士诚则展开巷战相抵抗，失败被俘后，自缢而死，东吴灭亡。[96-97]
吴元年（1367年），朱元璋命汤和为征南将军，讨伐割据浙东多年的方国珍。[98]后命胡廷瑞为征南将军，何文辉为副将军，进攻福建。同年，方国珍投降。[99]
吴元年（1367年）十月二十一日，朱元璋命中书右丞相徐达为征虏大将军、平章常遇春为副将军，率军25万，北进中原。[100]北伐中发布《谕中原檄》，文告中提出“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的纲领，[101]以此感召北方人民起来反元。朱元璋对北伐又作出了部署，提出先取山东，撤除蒙元的屏障；进兵河南，切断它的羽翼，夺取潼关，占据它的门槛；然后进兵大都，这时元朝势孤援绝，不战而取之；再派兵西进，山西、陕北、关中、甘肃可以席卷而下。[102]北伐大军按计而行。徐达率兵先取山东，再西进，攻下汴粱，然后挥师潼关。朱元璋到汴梁坐镇指挥。
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