作为已经拥有初级第三宇宙科技的吉斯星人很快就做出了反击。他们从附近几个星系的生命星调集了上百艘各式宇宙战舰，与侵占家乡的宇宙浮游生物Jnnmer英勇作战。
战争初期，他们获得了成功，以付出整个吉斯星地表建筑的代价，击杀覆盖了78%行星地表的Jnnmer。
然而，在第一阶段战争胜利的第三个宇宙月，吉斯星人再次陷入了绝望，他们从星系外围的卫星雷达上，看到了几乎遍布整个雷达观测面的宇宙浮游生物。
吉斯人类不得不放弃战斗，登上各式宇宙船，离开生存了数万年之久的家乡。在这场浩劫，绝大部分吉斯人类都在逃出星系前被宇宙生物吞噬，最后只有十二艘最强大的宇宙战舰成功逃离吉斯星系，遁入宇宙深处。
经过两百年对未知星域的探索，吉斯星人再次在一个名为天蝎的星系找到了生命星，重新开始了明的延续。只是残存的每一位吉斯星人都有一种预感，他们与Jnnmer宇宙浮游生物的战斗才刚刚开始。
抱着战胜Jnnmer，夺回吉斯星系的信念，吉斯星人全身心地投入了对宇宙生物Jnnmer的研究。他们的努力没有白费，接下来的上千年里，科学家不断取得新的研究成果，并以此为基础建造了巨型宇宙战舰信念号，以及一批最新式的巨大人形武器——兵人。
然而，如同命运般的约定，就在信念号刚刚下水的第一周，吉斯星人布置在星系外围的卫星探测器上传来了Jnnmer的身影。
信念号拔锚启航，联同这些年来共同建造的其他八艘宇宙战舰和它们上面的兵人，一起前往天蝎星系的外围迎战Jnnmer。
不过，他们的任务不仅仅是击败侵入天蝎星系的Jnnmer，还要顺势将战线重新推进至吉斯星系，收复一千多年前失去的家园……
距离正式进入本世界的倒数时间：三十秒。
倒计时开始：30、29、28……
“长官，第二克隆体出现窒息和痉挛现象，请求注入005号生命药剂……”
“批准！务必挽回第二克隆体的生命信号……”
“长官，第二克隆体基因崩溃……”
“长官，第二克隆体反向进入负基因序列，是否注销第二克隆体的生命特征……”
“嗯？立刻注销第二克隆体生命特征，将降临使徒的魂体纳入备用克隆体……”
“长官，星空投影拒绝转移使徒魂体，无法注销第二克隆体
…。。