部分炮兵（含四门攻城重炮）派到南昌城下助郭升部攻城，同时开始收拢兵力，准备撤出已盘踞多日的进贤县一带，盖因此时王得仁这个流贼出身的明将终于排除南明朝廷的干扰和阻挠，派出七万名还算堪战的士卒北上，兵进饶州府，与沈永忠部三万余人更深地纠缠在了一起，彻底断送了沈永忠打通陆上交通线，为耿仲明解围的企图。而此时，东岸三万余军也开始收拢、分批撤退，其第一批挺身队第二大队二千余人于27日在南康府星子县登陆，然后迅速巩固滩头阵地，接应后续兵马的到来——这个时候，最近从江北偷渡过江的清军总数已经超过了一万七千，并初步摆脱了德化、瑞昌一线少许顺军偏师的干扰，抛弃辎重、一路向南疾进，估计很快就会与东岸大军迎头撞上。
28日，郭升部打破附郭的新建县，歼灭耿部残兵三千、俘获二千余，然后将东岸炮兵请进了城内制高点，用大炮猛轰仅仅一墙之隔的南昌县，耿部官兵士气更加低落，伤亡也急剧增加。
29日，已经登陆了大半主力的东岸军队在星子县以西与清军遭遇。可怜这偷渡的一万多清军皆轻装疾行，一路上抛弃了大量辎重，此时正是疲累欲死的阶段；而好死不死的是，他们这上万人因为军情紧急还分做了三拨，第一拨迎头撞上的仅仅只有四千余人……
虽然炮兵主力已调到了南昌，但好整以暇的东岸大军以逸待劳，黑八旗、陆军火枪手、挺身队第二大队等精锐尽出，一战摧破此股清军，毙伤俘达两千余人。溃散的清军跑得漫山遍野都是，东岸人也懒得去抓，而是顺手拿下已开城请降的星子县，一边休整一边准备拦截剩下的偷渡清军（也不会忘了搜罗人口）——当然如果遇到数万人的清军大队顶多骚扰牵制一下，硬仗是不会打的。
31日，在又击溃了一支南下的三千余人的清军后，东岸军队也已搜罗到了七千余人口，然后在星子县湖岸边展开了繁杂的转运工作。这个时候，经过近四天时间的猛轰，南昌县城墙及城内建筑已多处坍塌，郭升派出万余精锐杀进了城内并控制了相当部分城区，耿仲明部死伤惨重、指挥混乱，他本人带着核心兵马数千人退守府衙一带，做困兽之斗。
8月3日，孔有德率领的大军出现在武宁县一带，而郭升下令用降军做先锋，不计伤亡猛攻南昌府衙，关键时刻甚至下令纵火焚烧民宅，终于在战至傍晚时分彻底攻克了这片区域。最后时刻，耿仲明率亲兵千余人欲溃围而出，被乱箭射杀当场，其部属欲降未果，尽被诛杀。一代汉奸带着两万残兵困守南昌城，前后竟然
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