思齐的首领位置，得到了颜思齐的大部分遗产。
郑芝龙继承颜思齐的首领地位后，没有在台湾的拓展垦殖上下很大的力气。荷兰人在台湾势力扩展很快，加上西班牙人也来插了一脚：1626年西班牙人在基隆附近筑了圣?萨尔瓦多城。这两年后，西班牙又在现在的淡水筑了圣?多明哥城。郑芝龙当时正处于和各大海上势力不断交战，争夺海上霸权的时候，不愿意多蹚浑水，一度决定放弃在台湾的移民据点，撤回福建。后来他还是放弃了这一念头，改为继续经营台湾，1628年闽南遭到大旱，饥民甚众。郑芝龙在熊文灿支持下，招纳漳、泉等地灾民数万人，“人给银三两，三人给牛一头”，用海船运到北港垦荒定居。大大扩展了在台湾的福建移民的数量和势力，
不过，至始至终，郑芝龙始终没有派遣武装力量到台湾去，也没有明确的宣示对台湾的所有权。他只是支持在台福建移民中的首领，通过他们来遥控当地的移民村落――不过这些年来他也并没有多干涉当地的事务。荷兰人向中国人收取人头税，他也未作出干涉。
通过当地的垦殖主，郑芝龙继续控制着北港――大陆移民最早的登陆开发地区。在荷兰人统治区域内的郭怀一几乎每个月都会写信给他，报告当地情况。郭怀一作为当地的华人领袖，荷兰人在当地的许多行政事务必须依赖于他，因而荷兰人在当地的一举一动，贸易状况，郑芝龙几乎了如指掌。
荷兰人暗中勾结刘香，给予支持的情报他早就有所掌握，但是现在，他还下不了和荷兰人翻脸的决心。
荷兰人是首鼠两端，对刘香同样是三心二意的，绝不会真得出力――他们的唯一目标就是左右逢源，保持海面上的制衡。如果立刻翻脸，只会逼迫荷兰人公开站到自己的对立面去。
他郑芝龙虽然并不畏惧荷兰人的实力――几年前他就教训过荷兰人――但毕竟也不是以战争为乐的人：他首先是个商人。如果荷兰人真得站到了他的对立面，竭力在船、炮上支援刘香，会给他带来很大的麻烦。
郭怀一的书信上提到的却不是荷兰人的事情：他的报告是关于澳洲人的。
信中提到，他从荷兰人和当地土人的口中得知：上个月，也就是九月的初三，澳洲人的船队突然抵达打狗港，随即在打狗港登陆。运送大批人员和物资上岸，已经在当地建起了堡垒和城寨。似乎有在当地垦殖的企图。
郑芝龙对澳洲人或者髡贼并不陌生。几年前，他就知道澳洲货和澳洲人――李丝雅曾经向他禀报过他们
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