7年君士坦丁六世被废，以及其母亲伊琳娜皇太后自立为罗马女皇（797年-802年在位），使得罗马教会有理由拒绝承认君士坦丁堡统治者的最高权威。
罗马教会宣称，罗马皇帝的名义在希腊人（即拜占庭人）中已经不存在了，因此罗马教皇、所有的主教、法兰克元老元和罗马城的所有长老经过商议，决定把法兰克国王加冕为皇帝，使罗马帝国永远传承下去。
800年，教皇利奥三世将查理曼大帝加冕为“受上帝委托统治罗马帝国的伟大皇帝奥古斯都陛下”，查理帝国诞生。
936年，奥托一世被加冕为德意志国王。962年，奥托第二次举行加冕礼。教皇约翰十二世在罗马城为他加冕，授予他“皇帝”称号，由此开创了神圣罗马帝国之始。
但是，因为东罗马帝国的皇统并未就此中断，所以此后基督教世界出现了两个并立的最高统治者，一个在君士坦丁堡，一个在罗马。
他们并不像过去的东西罗马帝国皇帝那样和平并立，而是彼此指责对方是僭越者，宣布自己是唯一真正而合法的基督教会和人民的领袖。
从这一点来说，利奥三世通过为查理曼大帝加冕，使罗马教会（及其领地）摆脱了臣服于东罗马皇帝的从属地位。从此之后，罗马教皇成为西方基督教世界的最高宗教领袖。
罗马教皇国就是通过这种与强者的联合，脱离了君士坦丁堡的控制，成为了一方豪强，同时成为了宗教领袖。
从思齐三世至若望十二世在位时期，罗马城贵族中的几个妇女通过成为教皇情妇而掌握了教廷大权，她们的儿子，以及儿子的儿子，都被立为教皇（比如教皇思齐三世与其情妇玛尔西亚所生的儿子若望十一世和孙子若望十二世）。
十世纪的这段时期因此被称为“***政治”时期。在这段时期里，教皇的政令只能在罗马城周边地区施行。其次，教皇国延续了伦巴底王国的封建体系，在教皇的领地上有许多伯爵和侯爵的封建采邑，他们都是几近独立状态的领主。
神圣罗马帝国与罗马教皇国一个控制了欧洲大部分区域，一个控制了意大利半岛区域。
在此后的两个世纪中，教皇国和神圣罗马帝国仍然时不时地发生摩擦。
每当神圣罗马帝国皇帝想将其权力施展到意大利时，就要和教廷及教皇国发生冲突。
十三世纪的斗争在霍亨斯陶芬王朝绝嗣后，神圣罗马皇帝才不再随意插手教廷事务，教皇国与神圣罗马帝国进入相安无事的状
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