天空中刮起的北方，火势被大大助长，装有火药、火油和干草的火船，被清军点燃，火苗在风中飞舞，直串一丈多高。
一瞬间，明军大船便被大火点燃，左懋第顿时仰天长叹：“此天不佑吾大明啊！”
刘良佐见此，顿时大喜，随组织更多火船，向连舟冲去，他们顺风放火，风急火烈，使得火势迅速蔓延。
明军中，郑鸿逵同王威见此，肝胆俱裂，急忙带着小船向前猛冲，想要为连舟挡下火船，但却被清军兵船缠住，无法脱离。
“今日若败，吾等都是大明的罪人！”焦急之下郑鸿逵只得大声急呼，鼓励身边将校不顾生死，奋勇向前。“诸位！大明兴亡，在此一战！随本将杀敌啊！”
连舟上，清军的火攻接着风势，威力大增。
木质战船，一旦燃起大火，根本无法扑灭，而明军每艘战船以铁链相连，一艘燃，便要烧毁一片战船。
这时南岸边鸣金之声同号炮之声大起，阮大铖甚至命令南岸几十万大军齐声大呼：“风起，速归，勿恋战！”
战到此时，明军败局已定，但大败还是小败，却可以去挣，只要保下战船，来日就还能一战。
指挥连舟的总兵方国安，听闻鸣金之声，连忙传令船队南归，欲脱离战场，退回南岸，保下战船，但明军大船连舟难以行动，清军兵船分为几队，于两翼放炮，抛射火箭，顿使得明军战船帆蓬俱焚，烟焰蔽江。
明军战船无法脱离战场，而清军的火攻却越发猛烈，誓要将明军水师留下歼灭。
连舟上多是新募之军，并非精锐，见连舟四处火起，瞬间便大乱起来，前方的士卒不是被火烧死，就是坠入水中溺死，后面的士卒见大势已去，便争相逃遁，溃不成军。
一时间，连舟上烈焰飞腾，江水尽赤，转瞬之间就烧毁明军数百艘巨舰，明军死伤过半。
左懋第麾下的举人孙兆奎，诸生沈自駒均被大火烧死。
这时刘良佐又趁势挥军猛攻，使得跳入江中的明军死伤惨重。
左懋第同陈子龙退到连舟一角，见明军大船被焚无数，士卒惨叫不绝，不由得嚎啕大哭：“此一战后，舟师丧尽，人马尽失，江防自此如虚设！此天亡吾大明啊！”
援扬之军中，最为精锐的十万大军，连同几百艘大船，葬送在长江之中，大明已经在无援救扬州，守住江防的可能。
左懋第心生绝望，悲从心来，顿生求死之心，一头便跃入滚滚江水之中。
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