但是其他一切事情都很好办，唯独在教师方面的问题肖天健却无法解决。
为了找到这些教师，他下旨在国内找寻各种人才，通过高额的薪俸，请他们到南京做事，为此他将孙元化的三个儿子都请了出来，让他们教授数学、几何，又请来了徐光启的几个学生，另外宋应星也被肖天健请到了南京，担任大中科学院的首任监正，但是凭着这些人，想要建立一个金现代化的大学，人手还是非常不够。
但是这次欧洲过来的这些传教士，却让他面临的这个难题迎刃而解，于是肖天健立即便决定，在南京大中朝国子监之下马上开始筹建大中朝太学院，名义上还是以太学为过养士，这样可以减少读书人对于这种新学的抵触情绪。
但是实质上，这座太学院在各地选拔生员入学之后，除了要学习儒学之外，同时在太学院之中开设数学、藩语（外语）、物理、机械力学、农学、水利、化学等几个学科。
但凡今后招录的生员，除了要学习儒学之外，数学作为他们每个人的必修课，也是必须学习的一项，另外所有生员，还必须要在物理、化学、冶炼、农学、水利、机械力学抑或是藩语之中，选修一项以上的学科，学制五年，在完成五年学制，通过考试，所有必修和选修的学科全部达到要求之后，方能由吏部选用。
吏部今后则根据他们的所学专业，将其派往各部门任职，总之通过这种手段，改革之前中国历朝历代选官的做法。
而那些学有所专的传教士，则需要一边学习汉语，一边在太学院之中任教，对此传教士也提出了要求，想要在太学院之中开设一门神学，来传播他们的天主教，肖天健考虑之后，为了调动这些传教士的积极性，同意了他们的要求，不过他另外要求传教士在太学院之中设立神学可以，但是神学却只能作为业余选修课，让生员自由选择，而且神学不作为考试内容，来影响到太学生今后的仕途。
如此一来，肖天健总算是可以在中国建立起一座中国第一座近现代的大学了，这让肖天健比剿灭李自成还要高兴数倍。
对于肖天健的旨意，朝中官员和读书人对此颇有微词，不少人认为这么做是太过崇尚西学，影响到了士子们读书，但是肖天健可不管他们这种反对的意见，现如今他大权在握，一切都是他说了算，这些人反对可以，但是却不能影响到他推行新学的意志，新设太学院必须要按照他的要求筹建起来，而今后的选官，也要逐步从太学院的生员之中选拔。
这么一来，今后大中朝的官员，假
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