由中国的昊天上帝，变成了西方的耶稣，一直影响到后世，此时自然也不能祭拜祖宗，美其名曰禁止偶像崇拜。
对于传教士们，明廷方面最初也由欢迎慢慢转为防患，最后形成这些人是侵略者的观念。
礼科给事中卢兆龙曾有上奏疏言：“臣生长香山，知澳夷最恶。其性悍，其心叵测。其初来贸易，不过泊船于浪白外洋耳。厥后渐入澳地，初犹搭篷厂栖止耳。渐而造房屋，渐而筑青洲山，又渐而造铳台造坚城。……且澳夷专习天主教，其说幽渺，最易惑世诬民。今在长安大肆讲演，京师之人信奉邪教十家而九。浸淫滋蔓，则白莲之乱可鉴……”
苏及寓更说得露骨，攻击耶稣会传教士艾儒略时说：“此夷诈言九万里。夫诈远者，令人信其无异志，而不虞彼之我吞我耳。不知此番机深谋巧，到一国必坏一国，皆即其国以攻其国，历吞已有三十余。远者难其踪，最近而吕宋，而米索果，而三宝颜，而鸡笼、淡水，俱皆杀其主夺其民。只须数人，便压一国。此其实实可据者与。”
万历年时，万历帝下令驱逐传教士，北京的庞迪我、熊三拔，南京的王丰肃、谢务禄均被驱逐到澳门，剩下的传教士，有的为信教士人孙元化所藏匿，有的隐藏于中国各地。
崇祯年时，算传教士们又一复起时间，不过算作为抵抗后金，明军中军事顾问存在。对这点，起初传教士们强烈反对，因为之前他们就竭力掩盖自己与澳门关系，现在参与军事，不是暗示传教士就是到处侵略的佛郎机人？
还是李之藻极力劝说：“神父们，不必担心，不要拿武器作借口。对裁缝来说，针是必需之物，但裁缝穿针引线，做好衣服后便把针拔掉了。因此，神父一旦奉皇帝之命参加战争，武器便变成了笔。”
也因此传教士们回到北京，重新开始传教，潜身各地的传教士们也恢复了传教活动，王斗在大明强势崛起，不可能不引起这些人的注意，他们通过各种渠道，向王斗表达了希望到宣府镇传教的要求。
对此，王斗表下态度：“暂时不与这些红夷接触。”
王斗对他们永远充满戒备，不因他们展现何种面孔而改变。
不过想想未来经营漠北，可能会与俄罗斯人接触，想起辽东之战，靖边军俘获一个叫劳尔的家伙，是个西班牙人，现在还关在矿山服苦役，可以派些人跟他学拉丁语。
毕竟现在西班牙、葡萄牙人强势，整个世界流通行的也是拉丁语。
而十九世纪是通行法语，英语的流行
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