虽然他们的述说都令张献忠难以相信，但事实明摆着，两路大军同时遭遇了惨败，而且还是败给人数远远少于自己的敌军，也令张献忠不得不信。到了这时候，张献忠才有些明白，为什么李自成那么兵强马壮，结果还是被明军杀得大败，北上躲避。显然自己就更不是对手。
因此张献忠尽管舍不得武昌的安逸生活，但也事到临头，也不得不又重新拾了跑路的老招术。不过他的人马在长江以南，不敢冒险再渡江向北，因此只能向南逃窜。于是张献忠一面下令孙可望和刘文秀，让他们两人押运着抢到的钱粮物资，先从武昌府转移到大治县，自己随后领军撤退，准备向安徽江西地区发展，如果有机会，还可能攻打南京。并在撤退之后，在武昌城內四处放火，将全城焚之一炉。然后又令艾奇能领两万人马断后。
等商毅率领人马渡过了长江，赶到了武昌府的时候，只见四门大开，全城都以经燃烧了起来，城中到处都是火光，红焰耀眼，热浪逼人，浓烟密布，而百姓丧生于火海之中的，不计其数，哭号之声，不绝于耳，如同修罗地狱一般，惨不忍睹。
商毅见状，虽然又惊又怒，但也无计可施，也只好下令，三团在城外警严，自已指挥五团和辅兵进城救火，能抢救多少，就先抢救多少再说。
好在是商家军来得还算极时，而且武昌城的地域也不小，除去几个点火的中心区域以外，有许多地方虽然以经起了火，但火势还没有燃烧起来。如杲极时扑灭，还是能够抢救出一些地方的。而在武昌城中，还留有不少百姓，见有军队来帮着救火，也都纷纷行动起来。而商家军见百姓都聚集出来，也主动站出来指挥。
在有了商家军的指挥之后，救火抢险行动也由混乱变待有序起来，因此救火的效率也大大提高了，在军民齐心协力之下，到也扑灭了不少地方的火焰，还救出了许多被大火围困的百姓。
而就在这时，周少桓带领着二团也赶到了武昌城，两军汇合之后，周少桓向商毅报告，西军这时正在向东南方向逃窜。商毅得知以后，立刻明白了张献忠的意图，马上下令，命周少桓率领二团，追击西军，进驻樊口县，一定要狠狠的打击张献忠。并且追上张献忠之后，决不能轻易放手。一直打把张献忠打残为止。
周少桓领军走后，商毅又立刻投入救火之中，虽然现在扑灭了一些地方的火焰，但武昌城的地域很大，而扑灭的地方，大多都是边缘地区，由其在火势的中心，以经完燃烧起来，商毅也清楚，在没有现代救火手段的情况下，
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