当然南京朝廷在混乱之，到也不是没干一点正事，首先是要崇祯帝确定庙号和谥号，不过正事也是在争论不休完成的
首先给崇祯定庙号是思宗烈皇帝，但南京守备勋臣赵之龙认为这个庙号不是太好，上奏要求改动朱由崧先是不许而礼部侍郎余煜对据理力争，说了一大通之乎者也之类的话，也不知道朱由崧听沒听懂，反正争论了一番之后，终于改谥毅宗正皇帝
而在最关键的对外政策方面，无论是东林党还是马士英，却都保持着高度的一致性，奉行借虏灭寇的政策，即借清军的力量，剿灭大顺军
当然，南明朝廷在这时提出借虏灭寇政策，到并不完全是出于对形势的误判，当时信息不通也有一部原因吴三桂献出山海关、投降清军的事情，只是一面之辞，现在还沒有得到南明朝廷的确认，至少从表面上看，也可以理解为吴三桂借来清军，大败李自成，是为崇祯报仇的举动，甚至可以说是一心为明朝社稷的不贰功臣，也不为过而且清军当入关时，也打得是为明朝报仇的旗帜而灭亡明朝，攻入北京，逼死崇祯皇帝的是大顺军，因此南明朝廷上下都认为，自己的首要敌人是大顺军而不是清军，为先帝报仇雪耻才是最重要的，
同时，在目前南明朝廷內部关系尚未完全理顺的情况下，和满淸讲和，并借助吴三桂的力量，联合清军打击大顺军，实行借虏灭贼的政策，并天真地认为此举可以使清军与大顺军在交战两败俱伤，而南明朝廷趁机坐收渔利，不失为一种可行之策事实上不仅仅马士英这样想，就连史可法、刘宗周、黄宗義这些正人君也同样是如此想的但他们都没有清楚认识到，现在的南明朝廷面对的最大敌人不是“贼”，而是“虏”
尽管也有一些下级官员，如兵科给事陈龙、吏科给事章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目轻信满淸的承诺，并且列举出当年北宋借金灭辽、南宋借元灭金的历史教训可惜的是，这时在南京朝，并没有多少人听信马士英和东林党一边斗争着，一边积极准备安排北使团，并且己经确定了左懋第为使臣，去和满清接触，好实施借虏灭寇的政策
其实在南明朝廷的各官员心里，对清军都怀有一种很深的恐惧感，因为自从袁崇焕死后，满清先后四次入关奔袭，并在关外发动大凌河、松锦之战，在这场大战，明军都以惨败而告终，尽管满清在最后一次入关奔袭，商毅在济南和青州都重创了清军，但这只是一个局部战场取得的胜利，放眼整个战役来看，依然还是明军失败
因此在众人的潜意识
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