事情十分好笑，想不到朱由崧居然能够想出这么一招，在金殿上让东林党吃这样一个闷亏，当然这一切都玄皇教在背后指使策化的，到是真不容易。不过皇帝当到这一步，也确实够可以了。商毅并没有怀疑明石姬的话，因为凭朱由崧的智商，肯定想不出这种损招，看来玄皇教确实己经牢牢的把朱由崧抓在手里了，在剪除了东林党之后，也的确可以控制整个南京的局面。
虽然商毅己经做好了南京沦陷，以浙江的力量来抵抗清军的打算，但那些都是建立在东林党死都不肯调自己去驻守南京的最坏打算上，从商毅心里来说，还是十分希望能够守住南京的，因为南京不失，清军就不可能绕过南京来进攻浙江地区，这样一来，浙江地区不用直接去面对清军的兵锋了，也可以大大减轻战争给浙江地区带来的破坏和影响。对浙江地区还是大有益处的。而且还可以加强自己抵抗清军的纵深空间，和回旋余地。
另外同时南京是整个南方的政治经济中心，又是现在南明的首都，因此无论是在战略意义上还是在政治意义上，守住南京，整个南方的抗局面，都是十分重要的。因此商毅在和明石姬商谈过之后，也决定立刻出兵，尽全力守住南京。
不过虽然决定出兵，但商毅也知道，想守住南京可并不容易。现在南京面临的局面确实十分危急，因为清军从长江两岸齐头并进，沿江的战略要占几乎全都失守，南京城也直接暴露在清军的兵锋面前。
虽然南京城的城防设施十分坚固，但需要防守的面积太大太广，至少也需要五到六个师才能完全守住，而现在的商家军，也不可能把这么多的兵力都集中在南京城里驻守。因此商毅也迅速作出计划，只以少量兵力驻守在南京城里，守住几个关建的要点，在清军进攻时，可以适当弃守几处城门，把军放进城里来，并且利用城市的街道要点地区和自已对南京环境的熟悉，和军打巷战。
反正只要是不退出南京城，就表示南京并没有完全失守，在政治和战略层面上，都能说得过去。同时还能拖住清军的大量兵力，保证浙江地区的安全。而且商家军的战术特点和武器，也比清军适合打巷战，因此在内线利用城市战牵制清军，同时商家军的主力人马在南京外围游动，寻找战机尽力歼灭清军的有生力量，把南京保卫战打成一场提前三百年进行的列宁格勒保卫战。
这也就是商毅在目前的条件下，所用保卫南京的最佳战术方案了。当然因为战场主要是在城市中进行，要施行这一战术，肯定会对南京的城市设施造成重大的损害，而且平民
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