人拥兵自重，举兵谋反，一方面使用大量的文官出任军事糸统的职位，另一方面又极力贬低武将的社会地位，如宋朝设置的军事机构枢密院，明朝的兵部，居然禁甴武将出任，武阶的一二品官员的实际地位还不如一个五六品的文官。而且在整个社会都出现一种鄙视军人的风气，结果绝大部份的社会精英都耻于入伍参军，相反大量的无业流民、地痞无赖进入军队，甚致有不少中高层军官都是大字不识几个的大老粗，结果造成了军队素质的严重下降。
当然以皇帝的心态來说，当然是认为武官当然是不识字越多越好，越笨越好，这样也就不会造反了，因此在宋明两代，也确实几乎沒有发生过武将拥兵造反的事件，但却是以牺牲军队的战斗力为代价的。
商毅当然知道，军队是国家构成的主要基础，决不能为了控制军队，而牲牺军队的战斗力为代价，因此在起兵以后，商毅也一直在提高军队的素质、社会地位，和荣誉感，在建国之后，也是如此，最典型的模过于是军人可以以军礼來代替跪拜之礼，这一点在中国古代，是极为特殊的恩待了。
但这并不表示商毅就会对军队放任不管，无限的扩大军队的权力，在帝国的政治结构下，军人可以有很高的社会地位，很强的荣誉感，但在国家的政治领域中，还是应该尽量减少军队参于，除了国防大臣之外，其他军事官负干政是绝对不允许的。中今中外，但凡军队涉及到国家政治中,都不会有什么好结果，要么是形成以军人为三独裁政府，要么是转变成为军国主义国家。
另外商毅也不可能将全国的军务权利都交给一个部门进行管理，实际上就是将过去的统战部一分为二，成为两个部门，分离出來的国防部主要负任军政，虽然并沒有直接管理军队，但军队的选拔、编制、装配、后勤以及调动都是由国防部付责，而统战部的权力则被大大削弱，只能够管理军队的平常训练和战时的作战事务。最为关建的足，统战部沒有调动军队的权力，而国防部可以调动军队，但并沒有掌握军队。
在各地方的八大军区、两大舰队则是接受国防部和统战部的双重领导，平时的训练、作战都是由统战部付责，而人员编制、武器装配、后勤薪奉等等都是由国防部管理。另外在俱体的运行过程九，国防部下设的后勤部、装配部、培训教育部、军工科研部等等和农业部、商务部、工业部、文教部、科学院也都会有一定做交集，这方面的工作都由国防大臣和其他各部门的大臣协调处理。
而军人的军衔和军职依然保持不变，军衔仍按士
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