职官制度并加以改造而成的一种全新的体系。
卫所制度最早出现于元至正二十年，明太祖称吴王后鉴于当时军队的编制比较混乱，于是决定“立部伍法”，规定：“其核诸将所部，有兵五千者为指挥，满千者为千户，百人为百户，五十人为总旗”。
法令中有关指挥、千、百户、总旗所辖军数的规定，成为有明一代卫所的基本建制，这就是后世人所称为“甲辰整编”，拉开了大明卫所制存在三百多年的帷幕。
值得一提的是，卫所中的军户以家庭为服役的基本单位，一个军户之家出一正军，其余男丁为军余属正军的后备人员，一旦正军亡故或年老、逃故等项开除之后余丁应继正军替役。
如果卫所中的军户因故没有成丁应替入役，则需要到其所对应的卫所军户去清勾贴军户的成丁应役。
为了确保军户补役顺利进行明廷对军户户籍管理相当严格，明代不同的军户有不相同的军黄册，一类是由都司卫所所编写的卫所军户的户籍文册，另一类是由府州县来编写的册籍，二者各有职掌既有区别又有联系。
各卫所编制逃军图册依据的是自己所掌握的卫所军户册籍，府州县所造军户文册则属于州县军户册籍，二者既有明显的分工，又相互联系。
众所周知，大明卫所制度的经济基础是明太祖创立的屯田制度，屯田之制由来已久，尤其是军屯，是国家缓解戍守与军费供给矛盾所采取的一种有效办法。
洪武二十五年二月，明太祖“命天下卫所军卒，自今以十之七屯种，十之三城守，务尽力开垦，以足军食”，这便是著名的“屯七守三”的则例。
明太祖初衷是好的，想要实行兵农合一的制度，在明初国家战乱不休急需军事人员物资的情况下，卫所制最大程度的调动了人员和物资，解决了明太祖手头的难题，在当时看来确实有着无可取代的作用。
鉴于卫所制度成功地解决了当时困扰明太祖的难题，明太祖曾自豪地“吾养兵百万，不费百姓一粒米”。
为了能确保军户保持战斗力，卫所里每年都要组织军户们军事训练，虽然现在这种军事训练逐渐流于形式，但比起普通的百姓而言还是强上许多，因此很少有人感到军户所在的村庄里面闹事。
“老弟有所不知，前一段时间忠武王不是率军攻下了倭寇盘踞的琉球岛，为了使得倭寇无法在岛上立足，朝廷发布了告示征召江浙一带的民户和军户移居琉球岛，我们村里有人想要去琉球岛，可是欠了一笔外债没还债
…。。