彼得二世同掌朝政，伊利耶的妻子－波兰王后的妹妹玛丽娅带着两个儿子罗曼和小亚历山德鲁逃亡到波兰去了。不久罗曼在波兰人的支持下重返摩尔多瓦，杀死了斯特凡二世，为父报仇，而彼得二世逃到特兰西瓦尼亚，并在特兰西瓦尼亚大公亚诺什?匈雅提的支持下杀回摩尔多瓦，罗曼一家再次流亡波兰，不久罗曼在波兰死去，小亚历山德鲁再次在波兰人的帮助下重登摩尔多瓦王位，和他的另一个叔叔彼得．阿隆同掌朝政。
事情还没有完，老亚历山德鲁的一个私生子，名叫博格丹的，在亚诺什?匈雅提的支持下起兵反抗，当上摩尔多瓦大公，称博格丹二世，他就是斯特凡三世的父亲。彼得．阿隆和小亚历山德鲁又逃亡到波兰去了，后来彼得?阿隆在波兰招兵买马，在一个丰收节的夜晚率军杀回摩尔多瓦，在一个叫雷乌塞尼的村子抓住了正在参加丰收节舞会的博格丹二世并砍下他的脑袋，当时斯特凡也参加了这个舞会，但是他趁着混乱侥幸逃脱了，和他的母亲奥尔蒂娅逃亡的她的娘家瓦拉几亚公国。
1457年斯特凡在瓦拉几亚大公弗拉德三世的支持下招募了1000多军队回到摩尔多瓦，回来后大量的摩尔多瓦人赶来投奔，军队很快就增加到6000人，4月11日黄昏，军队到达罗曼城外，而彼得?阿隆的军队部署在塞列特河西岸的多尔赫什蒂乡，斯特凡下令采取快速机动实施包抄，在次日发起进攻，阿隆大败，率领少数几个亲信贵族逃亡波兰，到此，摩尔多瓦结束了26年的政局动荡，斯特凡登上了摩尔多瓦大公的位置。
斯特凡登上王位后，开始整理残破的国家，首先写信给那些依附阿隆而逃亡的贵族，保证只要弃旧从新，就不再追究责任；其次建立法纪，恢复了老亚历山德鲁的依靠拜占庭的法律治理的做法；再次，就是发展宗教，修撰历史，编写了大量宗教书籍，建立了多座修道院，编撰了第一部斯拉夫文的《摩尔多瓦编年史》；同时发展经济，斯特凡把萨克逊的著名酿酒专家黄尔丁请到赫尔勒乌郡的科特纳里葡萄园，酿出了一种叫阿尔马什的醇美的葡萄酒，到今天，葡萄酒仍然是摩尔多瓦的特产。
阿隆逃走了，斯特凡的位置还并不巩固，所以大公派兵攻打波兰和摩尔多瓦交界的城堡，收复了波兰占领的霍亭堡，给波兰施加了压力，迫使波兰放弃庇护阿隆，阿隆就逃亡到匈牙利去了。匈牙利国王，年轻的马加什一世对摩尔多瓦抱有野心，企图扶持阿隆复位，1465年1月26日，斯特凡大公决定先发制人，攻下了匈牙利战略要地基利亚。两年后的1
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