第二次南北战争来得快，去的也快，美国政府领导的第二支部终究还是被S
EELE控制的第一支部呼叫「场外势力」给击败了，北美安全区也正式宣布灭亡，
这里所有的残存人类都被SEELE从反L系统中拖出来核化了。
虽然手段在普通人看起来十分残忍，但从SEELE的视角来看，这些被核化的人类完全可以说是「坐享其成」，因为核化之後只相当於被「净化」了，剩下的委员会成员们则还需要加班加点辛勤地工作，直到彻底完成人类补完计划回归「天堂」为止。
这片原本被两洋环绕的「天赐之地」，也终於完全被第三次冲击的余波所「净化」，而徘徊在这片大地之上的，也只剩下了无头的「游荡者」们。
在明面上，SEELE到现在为止已经几乎掌控了一切，整个地球只剩下了一个上海支部在当地政府的领导之下「苟延残喘」。
而在获得了第二次南北战争的胜利，并且夺取了北美第二支部所有资源的情况下，SEELE不认为自己会输，东大在委员会看来只是苟延残喘罢了，就算是他们建好了忏悔号又能如何？
委员会的手里的牌吗，算上正在装测试的三号舰原罪号，可是有三艘星舰的，更何况所有星舰的「主人们」，目前全都捏在SEELE的手里，这些老登根本想像不到自己会怎麽输！
可惜人算不如天算，青子等人回到伯大尼基地就像是回家一样随意，两台安装了使徒核心的拟神化EVA往天上一挂，就吸引走了全部人员的注意力。
失去了EVA五号机的伯大尼支部，就如同手无寸铁的小姑娘，面对全副武装的阿斯塔特一样无力，青子等人在橙子这个「带路党」的帮助之下，轻而易举地就找到了正在进行最後装的原罪号星舰。
「苍崎橙子！」支部主管咬牙切齿地看向橙子，不甘地说道，「组织和我都对你不薄，你为何要背叛我们！」
「这可谈不上背叛，主管阁下，」橙子颇为有派头地挥了挥手指表示否定，
这个动作在她头顶光环漂浮在半空中的状态下看起来特别有压迫力，「我不是也向伯大尼支部贡献了那麽多研究成果吗？我们之间只是相互利用的关系，大家好聚好散嘛。」
「委员会不会放过你们的，苍崎！」阴鹭表情的高层恨恨地说道，「北美第二支部已经败了，等上海支部被解决之後，下一个就是你们！即使你们占领了伯大尼支部，也没办法对抗委员会！」
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